孫全謀為中國清朝武官官員,本籍福建。孫全謀於1788年(乾隆53年)奉旨接替卓威光,於台灣地區擔任台灣水師協副將。而隸屬台灣鎮之下的此官職是台灣清治時期的這階段,全台灣的海防軍事層級最高武將,其統帥三標水營,數千名水師兵勇。