武庫清吏司,兵部官署名稱。
明朝洪武二十九年(1396年)改庫部為武庫清吏司。管理戎器、符勘、尺籍、武學、柴薪、皂隸。設郎中一人正五品,員外郎一人從五品,主事二人正六品,南京兵部亦設。清朝順治元年(1644年),沿置武庫清吏司,設郎中三人:滿洲二人,漢族一人;員外郎二人:滿洲一人,蒙古一人;主事二人:滿洲一人,漢族一人。掌管全國兵籍、軍器,武科舉、編發、戍軍。下設督學科、編軍科、俸糧科。