國清寺是江蘇省如東縣第一座古剎,原址位於掘港東營。現在的寺廟位於縣城西南,1991年由縣、市兩級政府批准後易地重建。
唐憲宗元和年間(806-820年),浙江天台宗第十祖僧行滿始建國清寺,後遭五代及宋元兵燹之毀。明萬曆九年(1581年),僧紹崟募化重建,清代幾度休整。民國十五年,南通張謇等人發起募化重修大雄寶殿、金剛殿、藏經樓等處。
1946年冬,為防國民黨軍隊駐紮,拆除天王殿部分和藏經樓、西廂房,保留大雄寶殿。
1960年7月,掘港國清寺被公佈為江蘇省文物保護單位。
1968年秋,「文化大革命」中拆除寺廟全部建築,基址上建成機關和民居。