El escudo de Zahara de los Atunes en el centro de la bandera simboliza el equilibrio, la unidad y concordancia, recuerda el inicio histórico de la población Zahareña, y el origen como población. El ducado de medina sidonia que desde primera mitad del siglo XV contribuyeron al fomento de la pesca del atún, el arte de la almadraba y al desarrollo arquitectónico.

El Azul de nuestros cielos, El azul de nuestros mares, representando y en homenaje a la principal fuente de trabajo y alimentación, la pesca . El mar como habitad del Atún, preciado alimento y forma de vida desde épocas fenicias, que le da nombre a nuestro hermoso pueblo. Azul como las aguas que bañan al omnipresente río cachón.

El amarillo representa nuestras riquezas culturales, el baile la música, y el arte de sus pobladores natales. El arte de la almadraba, al igual que el oro, una enorme riqueza cultural. Sus construcciones e iconos que en la actualidad hacen parte de la sociedad y la cultura zahareña, como el Palacio de las Pilas, el Vapor (embarcación sumergida) y el afluyente rio cachón.

El blanco representa 2 aspectos que son: EL Blanco como el horizonte que emana zahara desde lo lejos, simboliza el color natural del pueblo reflejado en sus típicas construcciones, entre casitas blancas y calles adoquinadas . El Blanco, como símbolo de un pueblo en comunión con Dios y la espiritualidad.

En mención a tres playas influyentes en el desarrollo de la sociedad zahareña: playa Cabo de Plata, playa cabo de gracia, playa del cañuelo Las 2 Franjas como locación y territorio: Representado por las 2 franjas amarillas , la locación y sus puntos cardinales: Al sur con el municipio de Tarifa y Sierra del Retín, y al norte con Barbate, en mención a nuestra autonomía.

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